Эээ, не торопись отвечать, у него опять проблемы с ориентровкой в дидактическом материала. Пусть разберется.

Я заявляю, что для меня хорошо(1) чтобы я бегал по утрам(2), но(3) не бегаю по утрам

А не заглянуть ли снова нам в Структуру магии? Ой, там точно есть вариант, связки с НО. И примеры, как вопросы правильно формулировать. Ну, сами посмотрите, или мне эээ "направить" вас это сделать?

я не могу одновременно находится в двух местах, работать и бегать.

Я заявляю, что для меня хорошо(1) чтобы я бегал по утрам(2), но(3) не бегаю по утрам, потому что я работаю(4) по утрам(5).

(1) Чем именно хорошо для Вас чтобы Вы бегали по утрам?
(2) Когда конкретно по утрам Вам хорошо бегать?
(3) Как именно то что Вы работаете по утрам мешает вам бегать по утрам?
(4) Как именно Вы работаете по утрам?
(5) В какое конкретно время Вы работаете по утрам?

Приоритет: (3) связка на данном шаге - наиболее интересная часть фразы. Возможно к ней потребуются несколько вопросов.

Как именно то что Вы работаете по утрам мешает вам бегать по утрам?

Я работаю по утрам.

[Оставляем только одну связку]

Я заявляю, что для меня хорошо(1) чтобы я бегал по утрам, но(2) не бегаю по утрам(3).

(1) Чем именно хорошо для Вас чтобы Вы бегали по утрам?
(2) Как именно [здесь ответ на вопрос (3)] мешает вам бегать по утрам?
(3) Что мешает Вам бегать по утрам?

Приоритет - поменялся. (3) - находим более полный вариант фразы.

Что мешает Вам бегать по утрам?

Несмотря на то, что ТЫ такую конструкцию в явной форме не генерировал:

Я заявляю, что для меня хорошо чтобы я бегал по утрам(1), но не бегаю по утрам(2), а бегаю когда опаздываю куда-нибудь.

Притворись и сконструируй из этого вопрос с ОДНОЙ связкой. Просто, естественным путем мы до связок не скоро доберемся, а они для начинающих представляют немалые проблемы. Он разберется с этой одной связкой на фоне других вариантов и далее пойдут естественные варианты твоих ответов, его вопросов. Угм?

На какой вопрос отвечать?

(1) Включате в роспись признаков (номера во фразе) и связку.

(2) В списке вариантов вопросов появится вопрос к связке.

(3) Если связке будет отдан приоритет, то финальный вопрос будет к связке.

Далее, вы расписываете общую (как вы это уже делали) схему метапризнаков для фразы, включив в нее СВЯЗКИ/СВЯЗКУ.

Как включить в схему метапризнаков СВЯЗКУ? Cформулировать вопрос к СВЯЗКЕ?