В ноте инструмента есть звуки, и каждый звук выделяет отдельную кинестетику.
Кинестетика - ощущения? Какие конкретно ощущения?
И сравнивая эту референтную кинестетику можно сравнить и высоту звуков.
Ну, можно и цвета различать путём сравнения неких ощущений от них, но проще напрямую. Не думаю, что со звуками должно быть иначе.
Но вначале определяем, наличие разных гармоник в звуке.
Что буквально требуется сделать, чтобы "определить наличие разных гармоник в звуке"?
И ищем самую низкую.
Похоже, что здесь вы говорите о "правополушарном" восприятии:
Музыканты про основной тон
https://metapractice.livejournal.com/606055.html?thread=14952295#t14952295
Таким образом, имеет смысл говорить о двух разных вариантах определения основного тона - "сконструированном" левополушарном определении и "буквальном" правополушарном.