Несмотря на то, что ТЫ такую конструкцию в явной форме не генерировал:

Я заявляю, что для меня хорошо чтобы я бегал по утрам(1), но не бегаю по утрам(2), а бегаю когда опаздываю куда-нибудь.

Притворись и сконструируй из этого вопрос с ОДНОЙ связкой. Просто, естественным путем мы до связок не скоро доберемся, а они для начинающих представляют немалые проблемы. Он разберется с этой одной связкой на фоне других вариантов и далее пойдут естественные варианты твоих ответов, его вопросов. Угм?

(1) Включате в роспись признаков (номера во фразе) и связку.

(2) В списке вариантов вопросов появится вопрос к связке.

(3) Если связке будет отдан приоритет, то финальный вопрос будет к связке.

Сдлелай, пожалуйста, шаг назад и дай ему возможность разобраться со связками.

На этой стадии построения ответа вы игнорируете смысловые связки:

--та та та, НО та та та
--та та та, А та та та

Ситуация получилась даже еще более сложной, потому что вам надо разложить по полочкам две связки одновременно:

та та та, НО та та та, А та та та

Впрочем, на этой стадии тренировок вы можете протребовать оставить в вашем распоряжении только одну связку.

Далее, вы расписываете общую (как вы это уже делали) схему метапризнаков для фразы, включив в нее СВЯЗКИ/СВЯЗКУ.

http://lotosaudio.ru/001/krishnamurti/index.shtml
http://www.oneworld.ru/Blank-ru/wesniki/wes-8ru.htm
http://ariom.ru/wiki/Krishnamurti

Бегать по утрам кому именно?

Я заявляю, что хорошо(2) бегать(3) по утрам(4)

Разметку каждый раз надо делать заново:

Я заявляю, что хорошо(1) бегать(2) по утрам(3)

(1) Кто заявляет что "хорошо бегать по утрам"?

Это уже проехали.

(1) Для кого конкретно хорошо? [этот вопрос можно сформулировать более точно после уточнения (3)]
(2) Бегать по утрам кому именно?
(3) Бегать когда конкретно?

Приоритет: уточняем чьи действия мы обсуждаем (2)

Бегать по утрам кому именно?

[вопросы по форме: новую информацию добавляем в исходное утверждение? если появляются новые слова к которым можно задать вопрос - продолжаем сквозную нумерацию?]

Плиз, работайте аккуратнее. Куда вы торопитесь, когда столько ошибок?

Замечательно, теперь, действуя в том же духе, доведите процесс задавания вопросов до плавности, гладкости.

--Когда будете учить?
--Начинаю сегодня. До понедельника рассчитываю закончить.
О.К.

--Хорошо(1) бегать(2) по утрам(3)

--По-моему, более полный вариант:

(1)Хорошо(2) бегать(3) по утрам(4), где (1) - опущенный перформатив "я ~заявляю".

Согласен, но тогда уж:

(1)(...) Хорошо(2) бегать(3) по утрам(4).

Ну а если продолжать в том же духе, то в итоге получим:

(1)(...) (2)(3)Хорошо(4) бегать(5) по утрам(6).

Где (2) может быть: "Хорошо в чьей оценке?"

А (3): "Для кого конкретно хорошо?"

Ну, а (4): "Как именно хорошо?"